Андрей Васильевич Мишагин родился 12 января 1965 года в г.Щекино Тульской области. В 1987 году закончил Тульское высшее артиллерийское инженерное училище, в 2013 году - Российскую правовую академию Министерства юстиции Российской Федерации  по специальности «юриспруденция».

С 1982 по 1993 год проходил службу в рядах вооруженных сил Российской Федерации. В органах внутренних дел с 1993 года. Службу начинал оперуполномоченным отделения по экономическим преступлениям Управления внутренних дел Центрального района г.Тулы. В разные годы занимал должности начальника Управления по налоговым преступлениям УВД по Тульской области, заместителя начальника УВД по Тульской области по экономической безопасности, первого заместителя начальника УВД по Тульской области - начальника криминальной милиции, заместителя начальника - начальника полиции УМВД России по Тульской области.

Награжден медалью ордена "За заслуги перед Отечеством» I степени, медалью ордена "За заслуги перед Отечеством" II степени, медалью  «За отличие в охране общественного порядка», медалью "70 лет вооруженных сил СССР".

Указом Президента Российской Федерации от 1 августа 2013 года № 663  Мишагин Андрей Васильевич назначен Министром внутренних дел по Республике Калмыкия.

Указом Президента Российской Федерации от 11 июня 2016 № 276 "О присвоении воинских званий высших офицеров, специальных званий высшего начальствующего состава и классных чинов" Мишагину Андрею Васильевичу присвоено специальное звание генерал-майора полиции.

Указом Президента Российской Федерации от 6 ноября 2018 года № 635  Мишагин Андрей Васильевич назначен начальником УМВД России по Ульяновской области.